서울대학교 구내 신공학관 뒤에 있는 골짜기 중턱에 위치하며 무학대사가 조선 태조 5년(1396년)에 창건한 절이다.

영조 13년(1734년)에 다시 중수했다는 기록이 있으며 성종이 어머니를 위해 만든 위패가 아직까지 전해져 오고 있다고 하며, 창건 당시에는 자운암(紫雲庵)이라 하던 것을 영조 13년에 대효선사가 자운암(慈雲庵)이라 개명하였다.