바울선교회는 "온 천하에 다니며 만민에게 복음을 전파하라"(막 16:15)는 예수님의 지상명령에 순종하여 복음이 필요한 선교지에 선교사를 파송하고자 믿음선교를 기초로 태동 되었습니다.

이동휘 목사님은 세계복음화를 위한 선교사를 파송하기 위하여 1983년 3월 27일 교회재정의 60% 이상을 선교사역에 쓰기로 결정하고 전주안디옥교회를 개척하였습니다. 

그 후 선교회의 필요성이 대두되어 1986년 3월 11일 전주안디옥교회에서  선교회 창립총회를 가진 후 복음주의적 초교파 선교단체로써 국내 자생의 선교회를 출범하게 되었고. 선교의 모범이 되는 사도 바울의 선교 정신을 본받기 위하여 명칭을 "바울선교회" 로 정하고 선교의 주체가 되시는 하나님 한 분만을 바라보고 의지하는 믿음으로 선교하고자 하는 의도를 굳혔습니다.

1986년 6월 2일 사단법인 한국기독교 선교단체협의회에 가입하였고 9월 첫번째 선교사를 필리핀에 파송하기 시작하여 믿음선교의 결과로 현재 87개국 에 404명의 선교사 를 선교현장에 파송하기에 이르렀습니다.