삼화선원은 고려7대 묵종왕이 후사가 없어 대량원군을 세자로 책봉하려 하자 묵종왕의 생모 천추태후인 대비가 절대 반대하여 왕세자로 봉하지 못하고 수경사로 내침을 당하게 된다.
천추태후는 후사를 위해 대량원군을 죽이려 했으나 수경사에 수도중인 진관대사께서 삼각산 신혈사(삼화선원)로 피신시켜 은신케 했다.
후 에 대량원군은 1036년 고려8대 현종왕으로 등극한다. 이때 대량원군이 피신한 사찰이 신혈사(삼화선원)이다.
이후 성초스님께서 현재의 진관동으로 오셔서 삼화선원을 창건하시게 되었다. 꾸준한 불사를 하여 현재의 모습을 이루게 되었다.