선혜선원은 선학원의 분원으로, 만화노스님께서 이곳에 34평의 건물을 구입하여 선혜암이라 하였다.
이후 덕성스님께서 기도정진으로 불사를 하시다가 열반을 하시고, 1987년 이후부터는 정관스님․ 혜능스님․ 법안스님과 견휴스님이 상주하면서 만화노스님과 덕성스님의 유지를 받들어 중창불사를 거듭하여 사찰의 면모를 일신하였다.
1989년 5월 24일에는 재단법인 선학원에 사찰을 등록하고, 기도와 포교활동에 전념하여 신도들이 날로 증가하였다.
이에 사찰이 협소하자 1991년부터 1995년에 걸쳐서 중창불사를 하여 3년 만에 5층 건물을 신축하였다.
1층은 사무실 및 주차장으로 사용하며, 2층은 식당, 3층은 요사채, 4층은 법당 및 어린이 법회 공간, 5층은 대법당으로 사용하고 있다.