구화사(九華寺)는 본래 고산사(孤山寺) 의 산내암자였다. 고산사는 조선시대 중기까지만 하여도 존립해 있었으나, 유교의 세력에 밀려 절이 강제 철거되고 그 자리에 향교가 건립되었다. 금산향교(金山鄕校) 가 고산사의 자리를 강제로 점령함으로 인하여 고산사는 구화사 자리로 옮기고 이름마저 구화사라 하였다.

고산사 시대에는 산내에 암자도 많았고 소유 전토(田土) 역시 많았다고 하나, 이제는 그 내력마저 알기 어려운 실정이다. 다만 현재의 구화사는 본래 고산사의 산내암자인 벽루암(碧樓庵) 이었으나, 후에 다시 영화암(暎華庵) 이라 하더니 직지사의 산내암자로 되어 오늘날까지 구화사라는 사명(寺名) 을 지니게 되었다.

전각은 대웅전과 요사가 근래 철혜 화상(哲慧和尙) 에 의하여 새로이 건립되었으며, 대웅전은 정면 4간, 측면 4간, 31평의 건물로서, 내부에는 석조비로자나불상을 봉안하였다.