국일암의 창건 연대는 알려져 있지 않고 다만 중건한 기록만이 있는데 부휴대사의 문하인 벽암 각성대사가 이곳에서 오래 주석하면서 인조 15년 곧 서기 1637년에 중건하였다고 전한다.
벽암스님은 일찍이 글씨와 군법에 능통한 스님으로, 조선조 인조임금 때에 남한산성을 축성한 공적으로 인조임금으로부터 원조국일대선사라는 시호를 받았는데, 국일암이라는 이름이 여기에서 비롯되었다.
그 뒤에 정인스님이 해방 전후에 두차례에 걸쳐 중건하여 오늘에 이르고 있다.
이곳에는 부휴스님, 고한스님, 벽암스님의 부도들이 모셔져 있다.