좌청룡 우백호의 기운이 뚜렷한 구례군 지리산 문수사는 백제성왕 25년 (547년) 연기조사께서 창건하였다.
그 뒤 저자거리에서 불법을 선양한 원효대사 해동 화엄의 종조가 된 의상법사을 비롯하여 윤필 서산 소요 부유 사명대사 등 여러 고승 대덕께서 수행정진한 제일의 문수도량이다.
고승 청허당 스님의 젊은 시절 수행처이기도 했는데 이때의 한 고사가 전해져 내려온다.
불법을 깨우치기 위해 용맹정진하던 중 걸승이 찾아와 함께 수행하기를 청했다.
처음에는 식량이 모자라 거절하기도 했지만 노승의 청이 너무 간절해 같이 수행하게 되었다.
밤잠을 자지않고 수행에 전념하던 어느 날 수행하던 노승이 새벽녁에 주장자를 앞산으로 날려 황룡으로 만들더니 그 룡을 타고 안개속으로 사라지는 것이다.
이후 문수사는 깨달음을 얻어 성불하는 수행처로 널리 알려지게 되었다.
임진왜란 때 왜병의 난입으로 일부가 파괴된 뒤 불당을 조성하지 못한채 6.25를 맞아 전소되었고 그 후 1984년 요사채를 세우고 1988년 옛 대웅전 터에 지금의 고금당선원을 건립하고 진입도로를 완성하여 사찰의 면모를 갖추게 되었으며 문수전 삼성각 고봉선원 방장굴 설선당 등을 건립 석축을 쌓고 3층 법당 대웅전(목탑)을 건립하여 오늘에 이르게 되었다.