뚜렷한 대륙성 기후

남서부 " 페르가나 계곡"은 아열대성 기후를 보이고 있어 여름에는 낮 기온이 32 ℃ 이상(최고 40 ℃ )의  뜨거운 날씨를 보이는 반면 북부와 남서부 일부를 제외한 국토 대부분에서 겨울이 길고 추운편(1월 평균기온 -5 ℃)

주변 중앙아 국가들에 비해 강우량이 많은 편, 강풍이 특징

지역별 기후

북부, 북서부 (추이, 탈라스, 케민 골짜기와 주변산악지대 등) 

온난하고, 상대적으로 습한 기후이며, 연평균 5-10도를 유지함.

강수량은 지형 높낮이에 따라 다르며, 연 강수량은 370mm~425~500mm까지 증가함. 

최대 강수량은 골짜기와 하부 중심으로 주로 4-5월, 5-6월에 높아짐.

남서부 (페르가나, 차트칼, 알라이 골짜기와 주변산맥 등) 

더 온난하고 습한 기후

연평균 기온은 8~12도, 연 강수량은 300~650mm. 지대가 높아질수록 강수량도 증가되며, 주로 동절기와 봄에 비가 많이 내림. 하부지대의 연평균 강수량은 310~370mm.

북동부 (이식쿨 분지와 주변산악지대)

연평균 6~8도, 지대가 높아질수록 기온은 떨어짐. 

동쪽으로 이동할수록 강수량은 250~300mm로 증가되며, 중앙부분의 강수량은 400mm. 

주로 7-8월에 비가 많이 오며, 1-2월에는 적은 편임.