보문사(普門寺)는 <보문사사적(普門寺事蹟)>에 따르면 신라 문무왕 17년(677) 의상 대사에 의하여 개창되었다고 하였다. 그후 고려시대에 들어와서는 명종 14년(1184) 보조 국사가 중창하였으며, 조선 태종 7년(1407) 에는 교종(敎宗) 에 예속되었다. 다시 선조 2년(1569) 에는 불전과 당우가 중수되었으나, 선조 25년(1592) 임진왜란으로 대부분의 건물이 소실되고 극락보전과 반학루(伴鶴樓), 그리고 염불당(요사) 등만 남아 있었다 한다.
그 이후의 사적에 대하여는 잘 알 수 없고, 다만 근세의 사실로서는 1917년 주지 보산 화상(普山和尙) 의 중수가 있었고, 1926년 주지 성환 화상(成煥和尙) 이 불전과 요사를 중수하였으며, 1967년 주지 화운 화상(華雲和尙) 이 극락보전을 보수.단청하였다.
 
1980년 주지 도문 화상(道門和尙) 이 삼성각을 신축하여 단청하였으며, 다시 1988년에는 반학루 염불당을 해체.수리하였고, 1992년에는 극락보전을 중수하였다. 그리고 산내암자인 운계암(雲溪庵) 은 1992년에, 그리고 불타암은 1993년에 중창 복원하여 오늘에 이르고 있다.

현존 건물은 극락보전, 응진전, 반학루, 염불당, 적묵당, 그리고 삼성각이 있으며, 법당 앞에는 고려시대 중건 당시의 건립으로 짐작되는 삼층석탑(지방유형문화재 제186호) 이 있다. 이 석탑은 전체 높이 369cm, 기단 폭 162cm로서 다소 둔중한 느낌을 주고 있는 후대 양식이다.
극락보전은 정면 3간, 측면 2간의 맞배지붕, 총 11.7평의 건물이다.
응진전은 정면 3간, 측면 2간의 맞배집이며, 총 8.5평의 건물이다. 내부에는 석가여래좌상(32 X 23cm)과 나한상(40 X 34cm) 11구를 봉안하고 있다.
삼성각은 정면 3간, 측면 2간의 팔작지붕이며, 총 8평이다. 내부에는 독성상(40 X 33cm), 독성탱(78 X 55cm, 1859년), 칠성탱(165 X 179cm, 1939년), 산신탱(94 X 78cm, 1946년) 등을 봉안하고 있다.
적묵당은 정면 5간, 측면 2간의 팔작지붕, 총 35평이며, 내부에는 지장보살좌상(75 X 55cm) 과 지장탱(164 X 198cm) 을 봉안하고 있다.
그 외 법당 앞에는 석등(175 X 62cm) 2기와 고려시대의 제작으로 짐작되는 석조광배(55 X 67cm) 1점과 맷돌(22 X 123cm) 1점이 있다.