기원정사는 본래 종로구 부암동에 있었으나 군부대의 토지수용으로 1991년 서대문구 홍제1동 금화산에 있던 홍제사를 매입하여 낡은 건물을 모두 헐고 대웅전, 식당, 요사(연건평 156평)를 신축하여 기원정사로 사명(寺名)명을 개칭하고 대웅전에는 비로자나불, 노사나불, 석가모니불을 봉안하였다.

1994년 영산전을 신축하여 산신, 칠성, 독성님을 모시었다.
1999년 사회복지법인 "기원"을 설립, 저소득 취약계층(장애인) 생계비 지원사업과 무학어린이집을 운영하고 있다.
2002년 독산본동, 시흥본동 청소년 독서실, 홍제2동 어린이집 등을 수탁운영, 기원장애인 주간보호센터를 설치운영하고 있다.
2008년 방학3동 어린이집 수탁운영
2009년 가양7종합사회복지관, 가양7어린이집 수탁운영
2010년 가양7복지관 통일부선정 "서울서부하나센터"개소
2010년 "노인데이케어센터" 설치운영하고 있다.