대장전 서편 위쪽에 위치한 응진전은 16나한상을 모신 전각으로 십육전(十六殿)이라고도 한다.「 속용문사적기續龍門事蹟記」에 의하면, 이 전각은 17세기 중엽 학문(學文)에 의해 건립되었다.
응진전은 1785년에는 자하루와 함께 중창되었고, 1884년에는 명부전과 함께 보수되었다. 이에 관한 기록은 <예천용문산창기사응진전상량문醴泉龍門山寺昌基寺應眞殿上樑文>(1785)과 <용문사십육전개채여단확기>(1884)에서 찾을 수 있다.
 
응진전은 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배집으로, 어칸에 분합문(分閤門)으로만 출입이 가능하다. 건물 내부의 삼면에는 많은 상이 봉안되어 있는데, 이를 위해 측면에 문을 내지 않고 들창을 설치 한 것으로 생각된다.
들창은 채광과 환기를 위한 것이다. 수서와 앙서가 한 쌍을 이루고, 연봉과 봉두로 장식된 전형적인 주삼포(柱三包) 건물로 기둥 사이의 공포대에는 화반이 놓였으며 뒤뿌리가 짧은 부연을 달았다.
투박한 익공의 초가지 표현이나 나지막한 천정, 소규모 평면에 맞는 가구 처리 등에서 19세기 후반 혹은 이보다 늦은 시기에 중수 과정이 있었음을 알 수 있다.