연자선원은 서울 서대문구 연희 2동 706-19번지에 위치한 재단법인 선학원 소속의 사찰이다.
창건주인 정운스님이 도심의 대중포교에 뜻을 가지고 1983년 4월에 현재의 위치에다 사찰을 창건하였다.
수행과 기도를 통한 포교로 신도수가 증가하자, 공간이 협소하여 1987년에 중창불사를 하여 현재에 이르고 있다,