연화사는 선학원의 분원이다.
연화사의 창건주이신 숭신당 명수스님께서 1968년 5월에 이곳에다 터를 잡으시고, 같은 해에 전법도생을 위해 대웅전과 요사 채를 건립하여 오늘에 이르고 있다.
창건주이신 명수스님은 수덕사에서 선학원의 초대 이사장이신 만공스님을 모시고 수행정진을 거듭하고, 현대 불교는 도심 속에서 중생들과 함께 호흡해야 한다는 생각을 가지시고 도심포교의 일환으로 이곳에다 연화사를 건립하셨다고 한다.