석가모니부처님을 가운데 모신 이유는 불교의 근본 가르침이기도 한 깨달음을 상징하기 때문입니다. 특히 대웅전의 부처님은 오른 손을 풀어 오른쪽 무릎 위에 얹고 손가락을 끝을 가볍게 땅에 댄 형태를 하고 있고, 왼손은 손바닥을 위로해서 배꼽 앞에 놓은 형태입니다. 이는 각각 항마촉지인(降魔觸地印)과 선정인(禪定印)(조계사 대웅전의 석가모니부처님의 수인은 항마촉지인입니다)을 표현한 것입니다. 이런 수인은 주로 석가모니부처님을 표현할 때만 나타나는 형식으로써 일체 모든 삿된 것을 굴복시키고 선정에 들어간다는 뜻의 표현으로 부처님의 지혜와 공덕을 표현한 것입니다. 서있는 곳에서 중앙에 계신 석가모니부처님을 바라볼 때 석가모니부처님의 우측에는 약사여래부처님이 모셔져 있습니다. 약사여래부처님은 지금 당장 고통을 받는 병자나 가난한 사람에게 자비를 베푸는 부처님입니다. 일반적으로 손에 약합이나 약병을 들고 있는 것을 보고 구별합니다. 또한 좌측에는 아미타부처님이 모셔져 있습니다. 아미타부처님은 조상의 극락왕생 및 내세에 누릴 자신의 행복을 관장하고 계신 부처님입니다. 손 모양을 보면 양손 모두 엄지손가락과 세 번째 손가락을 맞대고 있는데, 이는 극락정토에 왕생하는 아미타부처님의 구품(九品) 가운데 하나로 하루 밤낮 동안만이라도 계율을 지킨 범부는 죽을 때에 부처나 보살의 마중을 받고 왕생하여 반겁(半劫) 뒤에 아라한과를 얻는다는 것을 의미합니다. 조계사 삼존불은 각각 17자반(약 5m 20cm) 크기로 2006년 11월 14일 봉불식(부처님을 새로 모시는 의식)을 가졌습니다. 세분 부처님은 현재 단층 규모의 법당에 모셔진 부처님으로서는 국내 최대 크기입니다. 그리고 대웅전에는 불상을 안치하는 수미단을 중심으로 대웅전을 바라보고 오른쪽 벽면에 신중(神衆: 부처님 도량을 옹호하는 호법선신)을 모시는 신중단 그리고 왼쪽에는 영가(靈駕: 돌아가신 분)를 모시는 영단을 두고 있습니다.