자운루는 대장전에 대응하는 문루(門樓)이며, 보광명전과 대응하는 해운루와 나란하게 서 있다.
「 속용문사적기續龍門事蹟記」에는 81년에 만세루(萬世樓)가 지어졌다고 하는데, 이 만세루가 지금의 자운루이다.
용문사와 같이 경사가 심한 지형에 자리잡은 사찰에서는 건축물을 통해 이를 극복하고자 하였다. 그 역할을 한 것이 바로 문루이다.
경사면에 위치한 지운루는 앞쪽에서 보면 중층이고, 뒤쪽은 단층인 지계형(地階形)건축이다.
누의 역할은 사찰마다 약간 차이를 보이는데 주로 휴식과 수행의 공간으로 사용되거나 출입문의 역할을 하는 등 복합적인 성격을 가진다.
자운루는 평면형의 구조나 대장전 쪽을 제외한 좌측과 정면에 개폐가 가능한 벽체가 설치되어 있는 점으로 미루어 수행과 휴식의 공간으로 사용되었다고 본다.

현재 자운루의 전면창호는 창틀 가운데 사이기둥이 있는 영쌍창이고, 창방의 폭은 수장폭(修粧幅)이다
.측면은 3칸으로 가운데 내주(內住)를 관통하는 뜬창방이 있고, 측면 가구와 이를 인접하는 가구들을 연결하는 충량(衝樑) 역할의 부재가 사용되었다.
이러한 특징은 현전하는 누 건축에서 연대가 앞서는 누에서 보이는 수법으로 비교적 17세기 모습을 잘 유지하고 있다.
정면 5칸, 측면 3칸의 맞배지붕 건물로 내진주를 이주하여 평면의 중간에 세움으로써 대들보의 길이를 줄이는 수법을 사용했다.
익공은 초익으로 전형적인 사찰익공의 모습을 하고 있다. 진입형식은 누하진입(樓下進入)이 아니라 우각부진입(隅角部進入)방식의 문루이다.
자운루에서는 1785년에 작성된〈예천용문산창기사만세루상량문醴泉龍門山昌基寺萬世樓上樑文〉(이하 <만세루상량문>)과1872년에 작성된〈예천소백산용문사자운루상량문 醴泉小白山龍門寺慈雲樓上樑文〉(이하 <자운루상량문>), 〈용문사자운루중건상량시방함록 龍門寺慈雲樓重建上樑時芳啣錄〉(이하 <방함록>) 등이 나왔다.
<방함록>에는 두운선사의 초창과, 1681년, 1785년 그리고 1872년 중건을 간략히적어 놓았다.
두운선사의 초창은 신빙성이 떨어지나 1681년 중창은「속용문사적기」의 만세루 건립과 일치한다.
또한 1785년 <만세루상량문>과 1872년 <방함록>을 비교해 보면, 누의 규모가 27칸이었다가 12칸이 줄어 15칸으로 축소되었는데, 이는 정면 5칸, 측면 3칸의 현 자운루 규모와 같다.
1872년 <자운루상량문>에서는 이변화된 양상을 “포작과 난간, 지도리와 문지방, 점계등은 새로운 제도로 바꾸어 빛나게 되었으며, 원칙과 기준, 넓고 좁고 높 고 낮음은 옛 모습을 유지하되 일부만 변하였네” 라 서술하였다.